In een wereld vol vooroordelen worden kinderen geboren met bijzondere en gevaarlijke krachten als resultaat van unieke genetische mutaties. Cyclops, hij kan energiebundels met zijn ogen stralen, Storm, hij is in staat het weer te manipuleren, Rogue, zij absorbeert de levenskracht van een ieder die ze aanraakt. Maar onder de vleugels van professor Xavier (Patrick Stewart, Star Trek) leren deze vreemde verstotelingen hun krachten goed te gebruiken. Als de boosaardige mutant Magneto, die niet gelooft in een vreedzame samenleving tussen mutanten en gewone mensen, een plan beraamt om de mensenwereld te vernietigen, worden de X-Men ingezet om die te beschermen.
