Het verhaal van Yakuza 4 begint een jaar na afloop van Yakuza 3 en voert de speler opnieuw mee naar Tokyo. Aan het begin van het verhaal wordt een man doodgeschoten in het territorium van de machtige Tojo Clan, de organisatie die in alle games uit de reeks voorbij is gekomen. Een kleine bende van de Tojo Clan probeert uit te zoeken wat er aan de hand is en al snel wordt de leider doodgestoken. Deze gebeurtenissen leiden tot een verhitte strijd tussen vier mensen over geld, macht, status en eer. De waarheid komt boven tafel nadat de leugens, het verraad en de in elkaar verweven verhalen onthuld worden. Wanneer deze 4 bikkelharde mannen samenkomen, is de nieuwe legende van Kamurocho geboren.
Maak kennis met de Japanse onderwereld via 4 personages - Dit zou geen Yakuza-game zijn als je niet in de huid van Kazuma kon kruipen, maar nu kun je ook als drie van de andere hoofdpersonages uit de gamereeks spelen. Ieder personage heeft weer andere missies, zodat spelers de stad op verschillende manieren kunnen leren kennen en zich op geheel nieuwe wijze kunnen onderdompelen in de Japanse onderwereld.
Authentieke replica van Tokyo - Spelers kunnen nu ook de felle verlichting van Tokyo even achter zich laten en de onderwereld verkennen, door steegjes struinen en de stad vanaf de daken van gebouwen bekijken.
Word de ultieme vechtersbaas - Met een verbeterd vechtmechanisme en een nieuw systeem om strijders te trainen, kunnen spelers aan hun vaardigheden werken en zo de ultieme vechtersbaas worden.
Diep Japans verhaal - Een gedetailleerd verhaal vol karakteristieke fenomenen uit de Japanse cultuur, zoals bars vol vrouwelijk gezelschap, karaoke en verkenningsmogelijkheden van de stad.
